Arrêt maladie : fini les longs arrêts dès septembre ?

À partir du 1er septembre 2026, les arrêts maladie vont changer de rythme. Un décret du 12 juin 2026 encadre désormais la durée des prescriptions d’arrêt de travail : 31 jours maximum pour une première prescription, puis 62 jours maximum pour chaque prolongation. La mesure ne signifie pas la fin des arrêts longs, mais elle impose un suivi médical plus régulier lorsque l’absence se prolonge.

Une première prescription limitée à 31 jours

Jusqu’ici, la durée d’un arrêt de travail n’était pas soumise à un plafond légal précis. Dès le 1er septembre 2026, un premier arrêt maladie ne pourra plus dépasser 31 jours. Cette règle concernera les prescriptions établies par les professionnels habilités, c’est-à-dire les médecins, les sages-femmes et les chirurgiens-dentistes.

Concrètement, un salarié dont l’état de santé nécessite une absence de plusieurs mois ne recevra plus nécessairement un arrêt couvrant toute cette période dès la première consultation. Le premier certificat sera limité à 31 jours. Si l’arrêt doit se poursuivre, une nouvelle évaluation médicale sera nécessaire avant d’obtenir une prolongation.

Des prolongations plafonnées à 62 jours

La réforme ne s’arrête pas à la première prescription. Chaque prolongation d’arrêt maladie sera elle aussi encadrée, avec une durée maximale fixée à 62 jours. Là encore, il ne s’agit pas de fixer une durée totale d’absence au-delà de laquelle le salarié ne pourrait plus être arrêté.

Un arrêt pourra donc durer plus longtemps si l’état de santé du patient le justifie. La différence tient au découpage des prescriptions : au lieu d’un long arrêt fixé d’emblée, le suivi devra passer par des rendez-vous plus réguliers. Le site officiel Service-Public rappelle d’ailleurs qu’il sera possible de prolonger l’arrêt au-delà de la durée plafonnée si le professionnel de santé l’estime nécessaire.

Un droit à l’arrêt qui reste inchangé

Cette précision est essentielle, car la réforme peut prêter à confusion. Les nouveaux plafonds ne veulent pas dire qu’un salarié malade devra reprendre le travail au bout d’un mois. Ils encadrent seulement la durée de chaque prescription, pas la durée totale possible de l’arrêt.

Autrement dit, une pathologie lourde, une convalescence longue ou une situation médicale complexe pourront toujours donner lieu à plusieurs mois d’arrêt. Le médecin devra simplement réexaminer la situation à échéances plus rapprochées, en tenant compte de l’évolution réelle de l’état de santé du patient et, lorsqu’elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé.

Pourquoi cette règle arrive maintenant

Cette évolution intervient dans un contexte de hausse importante des arrêts de travail indemnisés. Selon les données rapportées par le gouvernement, leur nombre a progressé de 10 % entre 2019 et 2024, pour atteindre 9,1 millions. Les indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie ont représenté 17,9 milliards d’euros en 2025.

Face à ces montants, les pouvoirs publics veulent renforcer le suivi des arrêts longs et limiter les prescriptions très étendues dès le premier rendez-vous. L’objectif affiché n’est donc pas de supprimer les arrêts prolongés, mais de mieux les encadrer, avec davantage de points de contrôle médicaux et administratifs.

Ce que cela change pour les patients

Pour les assurés, le changement sera surtout visible dans le calendrier. Prenons l’exemple d’un salarié victime d’une fracture nécessitant trois mois d’immobilisation. À partir de septembre, son premier arrêt sera limité à 31 jours. Avant la fin de cette période, il devra revoir un professionnel de santé pour faire le point et obtenir, si nécessaire, une prolongation.

Ce rendez-vous supplémentaire peut être perçu comme une contrainte, mais il peut aussi permettre d’ajuster la prise en charge. Le médecin pourra constater l’évolution de la guérison, prescrire des soins complémentaires, envisager une reprise progressive ou prolonger l’arrêt si la situation l’impose. La télémédecine pourra aussi être utilisée pour certaines prolongations, dans les conditions prévues par le code de la santé publique.

Indemnités journalières : ce qui ne change pas

Sur le plan financier, la réforme ne modifie pas les règles de base des indemnités journalières. Le délai de carence reste fixé à trois jours pour les salariés du régime général, sauf dispositions plus favorables prévues par l’employeur, la convention collective ou un accord spécifique.

Les arrêts continueront donc à ouvrir droit aux indemnités de l’Assurance Maladie lorsque les conditions sont remplies. Le maintien de salaire par l’employeur, la subrogation éventuelle et les garanties de prévoyance continueront, eux aussi, à dépendre des règles habituelles. La nouveauté concerne surtout la durée des certificats et le suivi des prolongations.

Un suivi plus serré pour les employeurs

Pour les entreprises, cette réforme devrait surtout se traduire par un suivi administratif plus dynamique. Des arrêts longs fractionnés en prescriptions plus courtes signifient davantage de prolongations à traiter, plus d’échéances à surveiller et une attention particulière à porter à la paie.

À chaque arrêt ou prolongation, l’employeur doit notamment transmettre les éléments permettant le calcul des indemnités journalières et mettre à jour ses procédures internes. Les services RH devront donc anticiper les fins de prescription, éviter les ruptures dans le suivi et accompagner le retour au travail lorsque celui-ci devient possible. La réforme change moins le droit à l’arrêt que la manière de le gérer au quotidien.